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技術(shù)文章 / article
【連載-企業(yè)參考品】乳腺癌的PCR和NGS參考品的選擇
原載自:[技術(shù)資料頻道] 2020-04-24 瀏覽次數(shù):1797
科佰生物作為一家提供企業(yè)核酸診斷標(biāo)準(zhǔn)品的企業(yè),在該領(lǐng)域已經(jīng)深耕多年,與全國(guó)該領(lǐng)域90%的企業(yè)都有過合作,成功支持過很多企業(yè)的試劑盒研發(fā)和獲批,在該領(lǐng)域有豐富的經(jīng)驗(yàn)。根據(jù)我們對(duì)市場(chǎng)的調(diào)研,對(duì)客戶需求的理解,我們把我們的產(chǎn)品線劃分為多個(gè)模塊,主要為支持PCR的單點(diǎn)mutation、fusion和CNV產(chǎn)品,支持NGS的小panel和大panel(泛腫瘤、包含TMB和MSI)產(chǎn)品,支持IHC和Fish的FFPE block產(chǎn)品,支持標(biāo)準(zhǔn)品定標(biāo)的dPCR檢測(cè)試劑盒產(chǎn)品等。
接下來的幾期,我們陸續(xù)會(huì)針對(duì)不用的腫瘤,遵循NCCN指南的標(biāo)注,為大家分享我們對(duì)企業(yè)參考品選擇的看法。
乳腺癌是影響女性健康的主要的惡性腫瘤之一。根據(jù) Globalcan2012數(shù)據(jù),2012年女性乳腺癌新發(fā)病例約167.1萬,標(biāo)化發(fā)病率為43.1/10萬,位居女性惡性腫瘤發(fā)病*。
女性乳腺癌發(fā)病和死亡分別位居我國(guó)女性惡性腫瘤發(fā)病和死亡的第1位和第5位,全國(guó)2014年女性乳腺新發(fā)病例約27.89萬例,占女性惡性腫瘤發(fā)病的16.51%,全國(guó)2014年女性乳腺癌死亡病例約6.60萬例,占女性惡性腫瘤死亡的7.82%。
根據(jù)NCCN指南描述,乳腺癌主要區(qū)分非浸潤(rùn)性乳腺癌和浸潤(rùn)性乳腺癌,涉及的分子標(biāo)記物主要為estrogen receptor (ER),progesterone receptor (PR),Her-2,BRCA1/2,多基因檢測(cè)。對(duì)應(yīng)的臨床意義和指導(dǎo),請(qǐng)點(diǎn)擊下載NCCN指南。
如下我們開始對(duì)每個(gè)分子標(biāo)志物做一些分析。
ER、PR、HER-2分子標(biāo)記物
臨床的診療,一般是先看激素受體的狀態(tài),也就是ER和PR的檢測(cè),再看HER2的檢測(cè),結(jié)合淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移判斷,制訂治療方案。
ER、PR、HER2的檢測(cè),一般是采用IHC和Fish檢測(cè),其中ER和PR一般定性判斷,選擇IHC,HER的檢測(cè)可以定性和定量,具體檢測(cè)原則為:
針對(duì)HER2的IHC檢測(cè),臨床檢測(cè)有明確的評(píng)分標(biāo)準(zhǔn),科佰生物推出的IHC Reference Standard,主要為陰性對(duì)照和陽(yáng)性對(duì)照,用于監(jiān)控IHC整個(gè)實(shí)驗(yàn)的過程。
HER2的Fish檢測(cè)也是基于切片,是對(duì)細(xì)胞中拷貝數(shù)的一個(gè)檢測(cè),科佰生物選擇ddPCR的方法,按照NIST的標(biāo)準(zhǔn),選擇內(nèi)參基因DCK,EIF5B和RPS27A,對(duì)不同的標(biāo)準(zhǔn)品,進(jìn)行定標(biāo),對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)品為:
BRCA1/2相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)品HER-2分子標(biāo)記物
BRCA1/2編碼的BRCA是HR(homologous recombination,HR)途徑的關(guān)鍵蛋白之一,臨床檢測(cè)到BRCA1/2的Germline mutation,可以選擇用PARP抑制劑治療,尤其是HER2陰性的患者。BRCA蛋白的功能缺失會(huì)導(dǎo)致HR途徑無法正常運(yùn)行,腫瘤細(xì)胞會(huì)啟用非同源末端修復(fù)系統(tǒng),導(dǎo)致基因修復(fù)錯(cuò)誤,不斷積累后導(dǎo)致細(xì)胞死亡。
科佰生物推出4款BRCA1/2相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)品:
以CBP9003為例,對(duì)應(yīng)的位點(diǎn)為:
HRR和HRD分子標(biāo)志物
另外近的臨床研究表明,PARP抑制劑同樣也適用另外2類標(biāo)記物的診斷,一類是HRD的檢測(cè)患者,一類是HR通路的其他基因突變,都已經(jīng)在臨床實(shí)驗(yàn)中被使用,相信未來會(huì)逐步會(huì)寫入NCNN指南。
科佰生物也陸續(xù)會(huì)上新HR-Related Gene(CBP90021)和HRD(CBP90022)類的標(biāo)準(zhǔn)品。
多基因檢測(cè)
后一類是用于考慮向輔助內(nèi)分泌治療中添加輔助全身化療的多基因檢測(cè),通過復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)計(jì)分,幫助做出治療指證,其中的優(yōu)先級(jí)是Oncotype Dx的21基因檢測(cè),國(guó)內(nèi)也有很多公司開展了這樣的檢測(cè)。
乳腺癌21基因檢測(cè)(Oncotype DX)是采用RT-PCR方法,檢測(cè)21個(gè)與乳腺癌細(xì)胞增殖、侵襲、Her-2、激素等相關(guān)的基因的表達(dá)量,通過算法進(jìn)行復(fù)發(fā)評(píng)分(RS),根據(jù)評(píng)分值指導(dǎo)ER/PR+、HER2-和淋巴結(jié)陰性早期乳腺癌患者術(shù)后的預(yù)后判斷和治療決策。
對(duì)應(yīng)的計(jì)算方式為:RS=+ 0.47 x Her-2 Group Score - 0.34 x ER Group Score + 1.04 x Proliferation Group Score + 0.10 x Invasion Group Score + 0.05 x CD68 – 0.08 x GSTM1 -0.07 x BAG1
科佰生物應(yīng)用Oncotype DX的方法,制備出幾個(gè)低風(fēng)險(xiǎn)(RS<26)、中風(fēng)險(xiǎn)(RS26-30)、高風(fēng)險(xiǎn)(RS>30)的標(biāo)準(zhǔn)品,即將上線,歡迎大家來詢。
綜上,按照NCCN的指南,按照臨床的藥物,按照伴隨診斷的需求,科佰生物開發(fā)了針對(duì)乳腺癌的多種診斷參考品,滿足不同客戶的需求。
標(biāo)準(zhǔn)品選擇好了,接下來就是做性能評(píng)價(jià),讓我們先學(xué)習(xí)下指導(dǎo)原則,對(duì)于性能評(píng)價(jià)的規(guī)定。
詳見《從《指導(dǎo)原則》中分析參考品盤設(shè)計(jì)》。