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技術文章 / article
【靶點模型+診斷質控】BCR-ABL1的藥物開發(fā)和診斷
原載自:[技術資料頻道] 2021-06-25 瀏覽次數:2761
慢性粒細胞白血?。╟hronicmyelogenousleukemia,CML)也稱為慢性髓細胞白血病、慢性髓性白血病或慢性粒細胞白血病)是一種骨髓增殖性腫瘤,表現為成熟和未成熟的粒細胞失調控的生成和不受控制的增殖,細胞分化大體正常。
CML與2個基因的融合有關:BCR(位于22號染色體)基因和ABL1(位于9號染色體)基因形成BCR-ABL1融合基因。這種異常融合通常是由于9號染色體和22號染色體相互易位,即t(9;22)(q34;q11),產生一種異常的22號染色體,稱為費城(Ph)染色體,這種衍生的22號染色體含BCR-ABL1融合基因。
圖1. 染色體異位形成BCR-ABL1融合
BCR-ABL1融合基因可以產生一種*的基因產物,即BCR-ABL1融合蛋白。該蛋白產物包含一個來自正常ABL1的酶促結構域,具有酪氨酸激酶催化活性;相對于正常ABL1的激酶活性受到嚴格調控,由于與BCR部分融合,BCR-ABL1的激酶活性增高且呈組成型表達,這種失調控的酪氨酸激酶參與了CML的發(fā)病機制。
BCR-ABL1融合基因多見于 95% 以上的 CML, 根據BCR基因的斷裂位點不同,可分為主要斷裂 點簇集區(qū)(major,M-BCR,E13A2 或 E14A2,編碼 p210)、次要斷裂點簇集區(qū)(minor,m-BCR,E1A2, 編碼 p190)、微小斷裂點簇集區(qū)(micro,μ-BCR, E19A2,編碼 p230)。大多數 CML 表達 p210;極少 數表達 p230,其化療敏感性較低;約 2/3 的 Ph+ ALL 表達 p190。
圖2. BCR-ABL1融合的分型
BCR-ABL1的信號通路
圖3. BCR-ABL 激活的分子途徑的示意圖
BCR Tyr177的Bcr-Abl磷酸化對于BCR-ABL介導的白血病發(fā)生至關重要。BCR-ABL/GRB2復合體招募SOS,它與GRB2SH3結構域組成性相關。BCR-ABL/GRB2/SOS復合物刺激非活性GDP結合形式的Ras轉化為其活性GTP結合狀態(tài),并激活支架接頭GAB2。因此,GRB2/GAB2/SOS復合物引起RAS下游通路的組成型激活,從而激活MEK1/2和MAPK蛋白并導致細胞增殖異常。
此外,BCR-ABL通過PI3K/AKT/FOXO4并最終通過mTOR的上調有效阻斷重要的細胞過程,如自噬。
BCR-ABL蛋白轉化活性的另一個假定核靶標是原癌基因MYC,它在CML細胞中高水平表達。MYC激活似乎獨立于RAS途徑,但直接被ABLSH2區(qū)域上調。
盡管BCR-ABL激活的通路列表看似無休止地擴展,并且在這些通路中揭示的復雜性日益增加,但BCR-ABL的所有轉化功能似乎都取決于其酪氨酸激酶活性。這種先決條件在開發(fā)更復雜的靶向治療方面具有令人難以置信的內在臨床潛力。
BCR-ABL1的診斷
在NCCN指南和專家共識中,推薦的診斷方法一般分為3種,FISH、q-PCR、Sequencing,FISH可以定性的層面發(fā)現BCR-ABL1的異位,同樣的也可以做核型分析,發(fā)現9號和22號的變化。Q-PCR側重發(fā)現BCR-ABL1在mRNA水平的表達量變化,既能定性,也能定量。測序技術的發(fā)展能很好的幫助BCR-ABL1的檢測,不管是一代測序還是二代測序,可以從cDNA層面發(fā)現,也可以用gDNA層面發(fā)現目的基因的變化。
標準品
科佰生物作為一家專業(yè)提供分子診斷標準品的公司,提供關于BCR-ABL1多種形式的產品(gDNA、RNA、ctDNA、FFPE等等),涉及多種技術平臺,對整個流程做質控管理,也適合LDT和IVD的開發(fā)驗證。
表1. 常見BCR-ABL1的分子診斷標準品
部分數據展示
圖4. Sanger sequencing of BCR(E14)-ABL1(E2) for RNA
圖5. Sanger sequencing of BCR(E13)-ABL1(E2) for RNA
圖6. Sanger sequencing of BCR(E14)-ABL1(E2) Translocation for gDNA
BCR-ABL1的藥物開發(fā)
伊馬替尼是第一個上市的BCR-ABL1的TKI,可選擇性抑制 c-ABL1、c-KIT 及 PDGFRα/β的酪氨酸激酶活性,但是一線治療后,還是出現了BCR-ABL1依賴性和不依賴性的耐藥。
圖7. BCR-ABL的TKI在cell-based assay中對WT和不同的耐藥突變的IC50(nM)
藥物靶點模型
針對BCR-ABL1及其常見的耐藥位點,科佰生物開發(fā)了多種cell-based kinase assay模型,可以用于TKI的in vitro和in vivo的活性檢測,適合早期的化合物測活篩選,也適合后期的產品放行QC。
表2. 部分常見的BCR-ABL1的藥物研發(fā)模型
其他更多的位點(比如M244V,G250E,D276G,P465S,V468F,I502L,P223S,K294E, E355G等等),正在開發(fā)中。
部分數據展示
圖8. Anti-proliferation assay of three reference compounds on the BCR-ABL1/BaF3 Stable Cell Line.
圖9. Anti-proliferation assay of three reference compounds on the BCR-ABL1[T315I]/BaF3 Stable Cell Line.
圖10. Anti-proliferation assay of three reference compounds on the BCR-ABL1[T315I Q252H]/BaF3 Stable Cell Line.